Σε συνομιλίες που δεν καταγράφονται επισήμως αλλά και σε άλλες που καταγράφονται, αξιωματικοί του Λιμενικού ακούγονται, πριν το ναυάγιο της Πύλου, να κατευθύνουν τους πρόσφυγες που επέβαιναν ατο αλιευτικό να δηλώσουν πως δεν επιθυμούν να διασωθούν στην Ελλάδα, αλλά στην Ιταλία, σύμφωνα με νέο ρεπορτάζ της Εφημερίδας των Συντακτών και του omniatv.
Παράλληλα, σημαντικές συνομιλίες του Ενιαίου Κέντρου Συντονισμού Έρευνας και Διάσωσης (ΕΚΣΕΔ) λείπουν από το υλικό που παρέδωσε το Λιμενικό στην Εισαγγελία του Ναυτοδικείου, η οποία διερευνά τυχόν ποινικές ευθύνες των αξιωματικών που είχαν εμπλακεί στο ναυάγιο.
Το Λιμενικό λέει ότι τα κενά αυτά υπάρχουν γιατί το σύστημα επικοινωνίας είχε πέσει και έτσι οι συνομιλίες γίνονταν αναλογικά, χωρίς τη δυνατότητα καταγραφής.
Τα χαμένα δεδομένα περιλαμβάνουν κενά στις επικοινωνίες του ΕΚΣΕΔ με το περιπολικό ΠΠΛΣ-920, το οποίο επιχείρησε να ρυμουλκήσει το αλιευτικό πριν αυτό ανατραπεί. Δεν υπάρχει καταγραφή για το κρίσιμο διάστημα πριν και μετά το ναυάγιο, ενώ το περιπολικό δεν διέθετε λειτουργικό σύστημα καταγραφής ταξιδιού, δηλαδή “μαύρο κουτί”, ενώ αναφορικά με τις κάμερες το Λιμενικό έχει δηλώσει ότι δεν λειτουργούσαν και αργότερα ότι δεν αποθήκευαν το υλικό που κατέγραφαν.
Αποκαλυπτικά ηχητικά ντοκουμέντα δείχνουν ότι οι αξιωματικοί επέμεναν να καταγραφεί πως οι πρόσφυγες αρνούνται τη διάσωση τους στην Ελλάδα, γεγονός που το ρεπορτάζ συνδέει τόσο με την καθυστέρηση της σωστικής επιχείρησης επί 15 ώρες όσο και με την επιλογή της αποστολής περιπολικού από τη Σούδα χωρίς τον κατάλληλο σωστικό εξοπλισμό και όχι από κάποιο πλησιέστερο σημείο, όπως το Γύθειο. Το Λιμενικό λέει ότι τα κενά υπάρχουν γιατί το σύστημα επικοινωνίας είχε πέσει και έτσι οι συνομιλίες γίνονταν αναλογικά, χωρίς τη δυνατότητα καταγραφής, αλλά δεν υπάρχουν στοιχεία ότι έπεσε το σύστημα επικοινωνίας.